Phim Thám Tử Lừng Danh Conan 26: Tàu Ngầm Sắt Màu Đen – Detective Conan: Black Iron Submarine lấy bối cảnh của phần này diễn ra tại Pacific Buoy – một trụ sở hàng hải của Interpol có nhiệm vụ giám sát và kết nối các camera an ninh trên toàn thế giới. Nhóm của Conan, gồm cả Conan, Ran, Kogoro và các bạn bè khác, được mời đến đảo Hachijo để tham gia một chuyến tham quan và xem cá voi. Tại đây, Conan nhận được thông tin về một nhân viên Europol đã bị ám sát. Vụ án gửi đến Interpol gắn với những manh mối kỳ lạ: một chiếc tàu ngầm sắt màu đen.
Trong khi cố gắng điều tra vụ án, Conan cũng phải đối mặt với những khó khăn và nguy hiểm mới. Gia tộc ác độc của tổ chức Áo Đen không ngừng tìm cách tiêu diệt cậu và các đồng đội. Thêm vào đó, tính mạng của Haibara – người trước đây từng là thành viên của tổ chức Áo Đen, bây giờ đã trở thành người đồng minh của Conan – bất ngờ bị đe dọa. Câu hỏi rằng liệu thân phận của Haibara có bị bại lộ trước Gin, một trong những thành viên quan trọng của tổ chức Áo Đen, từ một bài blog xuất hiện.